Compilando o pacote apenas com os parâmetros de instalação que você precisa pode ajudar a adaptá-lo às suas necessidades exatas, por exemplo, usando recursos experimentais desativado por padrão.
No entanto, se o pacote tiver muitos parâmetros de instalação, você precisará escolher um conjunto de parâmetros bons e viáveis. Normalmente, falta documentação sobre esses parâmetros, então é fácil para acabar com software não viável.
Se o software compilado não funcionar, você precisará pedir ajuda aos desenvolvedores. No entanto, eles normalmente não corrigem compilações não padrão.
Conclusão: Compilar a partir da fonte tem suas vantagens, mas se ocorrerem problemas Você está por sua conta. O pacote apt-get, por outro lado, quase sempre funciona tão bem quanto é possível.