Acho que está se tornando um problema menor atualmente, mas inicialmente não havia plug-ins compatíveis com navegadores nativos de 64 bits (por isso, você não podia ver animações em Flash no IE de 64 bits, por exemplo). por que 32 bits é o padrão.
Editar: Eu não testei um navegador nativo de 64 bits por um tempo, mas desde que a Adobe disse que está trabalhando em um player nativo de 64 bits há um ano, eu assumi deve estar fora, mas isso pode não ser o caso. Alguém sabe?