Um culpado que eu vi são atalhos que apontam para unidades de rede; isso pode fazer com que o Explorer pause ou bloqueie por alguns segundos enquanto tenta resolver essas unidades de rede para que possa carregar ícones para os atalhos.
Em uma anotação relacionada, se você tiver copiado atalhos de outro computador (como por meio de um perfil móvel) e os destinos dos atalhos não existirem em seu computador, o Windows poderá tentar acessar automaticamente o computador original a rede para atualizar os atalhos para apontar para o disco rígido do computador original. (Por exemplo, um atalho que aponte para c: \ MyComputerSpecificApp.exe será atualizado para apontar para \ MySpecificComputer \ c $ \ MyComputerSpecificApp.exe. Isso vai da memória; já faz um tempo que eu lidei com esse comportamento.) Acredito que isso seja parte do comportamento que Raymond Chen está descrevendo aqui .
Não parece que você está fazendo atalhos de rede ou roaming de perfil, então duvido que isso seja problema seu, mas essas coisas são simples o suficiente para verificar.