Você pode combinar os dois comandos da seguinte forma:
gunzip < file.gz | bzip2 > file.bz2
Isso iniciará dois processos em paralelo, gunzip lendo o arquivo file.gz e gerando o fluxo não compactado em bizp2 para compactá-lo novamente em file.bz2 .
Este processo não cria arquivos intermediários, você precisará remover o file.gz ( rm file.gz ).