@ ldiastx, por favor, dê uma olhada:
for f in *.mkv;do ffmpeg -i "$f" -c:v copy -c:a aac -b:a 256k "${f%mkv}mp4";done
Ou se você não precisar codificar novamente:
for f in *.mkv;do ffmpeg -i "$f" -c copy "${f%mkv}mp4";done
Se você quiser colocar os novos arquivos em um diretório separado:
mkdir output
for f in *.mkv;do ffmpeg -i "$f" -c:v copy -c:a aac -b:a 256k "output/${f%mkv}mp4";done