A única semelhança remota é que ambos iniciam aplicativos. Fora isso, como eles funcionam são muito diferentes.
Os aplicativos para Mac são totalmente independentes. Eles podem ter pastas que eles gravam em seu usuário ou biblioteca de sistema que eles dependem para armazenar preferências, mas eles não dependem dessas pastas para iniciar com êxito (a menos que haja algum tipo de licenciamento implementado). Você pode pegar um aplicativo Mac e copiá-lo para outro sistema e ele será executado. Você pode clicar com o botão direito do mouse em um aplicativo e selecionar "Mostrar conteúdo do pacote" e ver o que realmente está contido em um aplicativo Mac.
Os aplicativos do Windows (programas) são muito dependentes de várias coisas em todo o sistema operacional Windows, como DLLs compartilhadas, configurações do registro etc. O raciocínio da Microsoft por trás disso era praticamente "Muitos dos mesmos programas usarão o mesmo coisas de nível, então podemos muito bem apenas vinculá-lo em vez de copiá-lo várias vezes. " Eu não sou realmente um programador, então talvez eles não tenham realmente uma escolha devido a como o Windows é projetado, mas acho que todos nós podemos concordar que não é um design muito eficaz.