Faça o Windows instalar primeiro.
Geralmente é assim que deve ser feito, para referência futura. Na sua situação, não sei muito sobre o comportamento de instalação do Windows, mas sempre substituirá o GRUB .
Você terá que reinstalá-lo, não importa o que você faça.
A entrada do GRUB é assim:title Windows
rootnoverify (hd0,0)
makeactive
chainloader +1
O GRUB na verdade não verifica o que você deseja inicializar; vai assumir que você está correto. Então, adicione e não use.