Existem várias maneiras de fazer isso. Uma das maneiras mais fáceis de fazer isso é adicionar seu aplicativo no registro do Windows.
Go to HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Winlogon
Aqui você encontrará um valor de string com dados de valor padrão
Shell = explorer.exe
Agora, você pode adicionar seu aplicativo aqui editando seus dados de valor, para que, depois da edição, pareçam
Shell = explorer.exe,app1,app2
Isso fará com que esses aplicativos sejam executados no modo de segurança.
Aviso: não remova o explorer.exe. Isso impedirá o início automático do Windows Explorer.