Você só executa o comando ./configure ao criar determinados aplicativos a partir do código-fonte.
Os arquivos de instalação do Java que você baixou não são código-fonte, eles são binários pré-compilados. Para obter instruções sobre como instalar o Java, dê uma olhada na página do Wiki do Ubuntu , pois isso tem várias opções diferentes.
Eu recomendo usar a opção intitulada 'Usando o método surpreendentemente simples do webupd8.org'. como ele irá integrar a instalação do Java com o seu sistema de gerenciamento de pacotes e automaticamente mantê-lo atualizado junto com a re-geração do seu sistema.