O Windows Update é um software da Microsoft, sistema operacional e solução de atualização de drivers. Não é para ser usado como um sistema de atualização central para software de terceiros. Os fornecedores precisam implementar suas próprias estratégias de atualização de software.
Certos fornecedores de drivers de terceiros podem se beneficiar do Windows Update. Mas apenas sob regras muito restritivas que geralmente envolvem a entrada no Windows Update apenas das versões de driver mais estáveis e comprovadas. O software de terceiros está, no entanto, totalmente fora de questão.
... pelo menos por enquanto e no futuro previsível.
EDIT: Então, se por "meu programa" você quer dizer um programa que você desenvolveu, sua próxima etapa lógica é visitar o Stack Overflow e perguntar sobre estratégias para projetar suas próprias rotinas de atualização de software ou usar outras ferramentas (como bibliotecas ou instaladores que adicionam funcionalidade de atualização ao seu software). Caso contrário, se você não projetou esse software, verifique a resposta de M. Palavuzlar aqui.