Você deve conseguir definir o proxy com netsh
:
netsh winhttp set proxy myproxy
netsh winhttp set proxy myproxy:80 "<local>;bar"
netsh winhttp set proxy proxy-server="http=myproxy;https=sproxy:88" bypass-list="*.foo.com"
Esses são os exemplos de netsh winhttp set proxy help
. As configurações de proxy do WinHTTP não são usadas por todos os aplicativos. É provavelmente melhor usar a solução descrita na resposta do zelanix e depois importar as configurações do IE para o WinHTTP com:
netsh winhttp import proxy source=ie