Veja o arquivo ~/.config/gtk-2.0/gtkfilechooser.ini
. Você deveria ver algo assim:
[Filechooser Settings]
LocationMode=filename-entry
ShowHidden=true
ExpandFolders=true
ShowSizeColumn=true
GeometryX=2064
GeometryY=1053
GeometryWidth=768
GeometryHeight=638
SortColumn=name
SortOrder=ascending
Altere SortColumn=name
para SortColumn=modified
.
Descobri esse arquivo em problema desta barra de lançamento , embora o autor afirme que mudar a configuração não funcionou para ele. Ele funciona para mim, enquanto que fazer a mudança no editor de dconf não. Isso também responde Como defino a ordem de classificação padrão na caixa de diálogo abrir arquivo como "Nome"? , mas não tenho reputação suficiente para respondê-la lá.