Para executar rotinas chkdsk de baixo nível que varrem e movem setores defeituosos ou para corrigir erros do sistema de arquivos, o disco deve ser desmontado e bloqueado para evitar danos ao acesso indesejado ao sistema de arquivos durante a verificação e reparo do chkdsk.
Na maioria dos sistemas Windows, a unidade C também é a unidade do sistema. Você tem coisas como o arquivo de paginação de memória virtual aberto e sob acesso contínuo. Você não pode fazer o chkdsk fazer uma alteração de baixo nível sob essas condições e manter a integridade da unidade. Então, para ter certeza de que todos os arquivos estão salvos, fechados e escaneáveis, o chkdsk pergunta se você deseja escanear durante a inicialização.
Na próxima inicialização, o Windows carrega o suficiente na memória com os drivers do subsistema de disco apropriados para acessar o disco e, antes de montá-lo, avisa o sistema operacional cujas operações de gravação estão suspensas, e então verifica a estrutura do arquivo de disco para integridade e, se solicitado, procure por setores ilegíveis.
Quando terminar de verificar o sistema de arquivos, corrigir erros e gravar fragmentos de arquivos recuperados para verificar arquivos, o sistema monta o volume e continua a inicialização.
O outro disco (D?) não é um disco do sistema e não está executando nenhum processo que não feche arquivos; assim, quando o chkdsk solicita uma desmontagem e um bloqueio, o disco está em conformidade e o chkdsk dispara e é executado até a conclusão.