A maior diferença entre a versão gratuita do Malwarebytes AntiMalware e a maioria dos programas anti-vírus (pagos ou gratuitos) é o modo de operação.
O MBaM é um scanner que é executado quando você opta por executá-lo. Ele procura no seu sistema por programas maliciosos e lhe dá a opção de removê-los.
A maioria dos programas antivírus monitoram a operação do sistema enquanto as coisas acontecem. Quando um arquivo é executado, aberto ou escrito, ele o escaneia. Se for feita uma tentativa de criar ou acessar um arquivo que corresponda ao banco de dados de vírus, um aviso será produzido imediatamente e o acesso será impedido.
Cada modo tem suas vantagens e desvantagens. O modo de varredura passiva do MBaM não consome recursos quando você não está digitalizando especificamente e não interfere na operação normal. No entanto, ele não protege você contra malware entre as digitalizações. O monitoramento ativo de programas antivírus captura ameaças muito mais rapidamente. Mas consome recursos a todo momento e pode interferir na operação normal.
A recomendação geral é usar programas de varredura como o MBaM, além de um antivírus normal, como o Microsoft Security Essentials. O anti-vírus irá capturar a maioria das ameaças imediatamente, e o scanner terá qualquer um que tenha escorregado pelas rachaduras. (Por exemplo, se eles não estavam no banco de dados quando o computador os encontrou pela primeira vez.)