Eu estava tendo o mesmo problema com a abertura do iTunes várias vezes no meu Macbook. Parar ou mesmo forçar a saída do aplicativo não fez nada. O programa simplesmente seria aberto novamente.
Parece que esse comportamento está relacionado ao conector de saída de áudio / fone de ouvido. Conectar meus fones de ouvido é interpretado aleatoriamente por alguma parte do sistema quando um iPod ou dispositivo similar está conectado.
Ainda não determinei se o problema está nos próprios fones de ouvido (talvez um pouco) ou se o próprio conector de áudio está com defeito.
Li discussões sobre esses conectores de áudio digital e comportamento incomum associado a eles, incluindo, ao mesmo tempo, que o conector ficaria "preso" em um modo e se recusaria a alternar para outro.
Se eu encontrar o link da Apple, irei adicioná-lo aqui, já que ele parece ser a causa de vários problemas relacionados a sons estranhos, bem como um comportamento estranho ao conectar vários dispositivos a esse conector.