O Gnome Shell realmente suporta isso. Super + H é a chave padrão. Se você quiser mudar a chave, vá para:
Settings -> Keyboard -> Windows -> Hide Window
F11 faz uma janela ficar em tela cheia. Existe um atalho que minimize uma janela? Eu estou usando o Arch Linux com o Gnome Shell.
No ambiente de área de trabalho GNOME, você pode usar o CTRL-ALT-D para minimizar tudo e dar foco à área de trabalho. Você também pode usar o ALT-F9 para minimizar a janela atual. Eu acho que estas são as mesmas para o Ubuntu / Unity.