Não creio que, se você copiar todos os arquivos de uma partição para outra, o Windows será inicializado. Eu recomendo que você use algum aplicativo gerenciador de imagens (eu uso Clonezilla ).
Você deve salvar sua partição antiga como uma imagem e recuperá-la no novo disco rígido. Apenas tome cuidado para manter o mesmo tamanho de partição para a nova partição.
Espero que isso resolva seu problema.