FWIW, minha plataforma de escolha é Fedora e / ou Centos, pois ambos têm a herança da Red Hat e também são bem suportados com um layout comum e usando pacotes yum e RPM, facilitando a instalação e atualização. A maioria, se não todos os linuxes, são similares, com o Gentoo sendo o mais geekiest! As diferenças geralmente causam alguns percalços enquanto descobrem o que e onde as coisas equivalentes são.
O desenvolvimento do Fedora é rápido, com atualizações freqüentes, e o mais recente desktop Gnome é uma grande melhoria. Ele também pode ser usado como um servidor de produção, mas é melhor verificar as atualizações completamente em um servidor de armazenamento temporário local antes de aplicar a um servidor de produção. O Centos é provavelmente o equivalente a dois lançamentos por trás do Fedora, mas é mais resistente a batalha para servidores de produção e as atualizações provavelmente não quebram as coisas.
O Ubuntu é bastante similar ao Fedora e também é bem suportado, sendo usado principalmente para sistemas desktop por sua facilidade de uso. Os servidores não precisam de nada, precisam trabalhar com segurança e continuar trabalhando.
O Debian também é popular, mas prefere usar o postfix ao invés do sendmail, o que demora um pouco para se acostumar. Os pacotes do Gentoo são compilados dinamicamente na instalação, em vez de usar binários pré-compilados. Isso permite uma personalização mais fácil e aprimorada, mas aumenta o tempo de instalação.
Qualquer que seja a plataforma escolhida para desenvolvimento, apache, mysql, php e outros serviços não devem notar nem se importar.