A Microsoft divulgou recentemente os resultados de uma análise de falhas de hardware de longo prazo para milhões de computadores e descobriu que, no geral, os laptops são mais estáveis que os desktops, incluindo o subsistema de discos. O relatório original está disponível no link com um resumo tl; dr em link .
Citando o último, parafraseando o primeiro: "Os desktops não parecem muito bons aqui, apesar de sua natureza sedentária. A equipe teoriza que as tolerâncias mais altas são projetadas na CPU e no DRAM, combinadas com melhores capacidades de absorção de impacto em discos rígidos móveis pode ser responsável pela menor taxa de falha. "
Assim, você pode encontrar maior confiabilidade a longo prazo em uma unidade de tamanho de laptop (2,5 "), já que eles são fabricados esperando uma certa quantidade de abuso.
Vou deixar que a outra resposta acima fale sobre a diferença entre usar o mesmo disco rígido interno de 3.5 "(3.5") para um PC versus um gabinete externo.