Supondo que você esteja no Linux. Instale os pacotes djvulibre (em Debian / Ubuntu djvulibre-bin), cd para o caminho onde você tem suas imagens e execute o seguinte:
for x in *.jpg; do c44 -dpi 300 $x; done
djvm -c ../result.djvu *.djvu
ddjvu -format=pdf myfile.djvu myfile.pdf
Fonte: link Outra fonte útil: link
No Windows, você pode usar o cygwin e seguir estas etapas ou usar qualquer uma das várias ferramentas da GUI disponíveis. A última opção não lhe dará a mesma velocidade, pois não pode ser roteirizada.