A versão mais recente do Chrome também tem um parâmetro para ser executado em segundo plano.
/opt/google/chrome/google-chrome --no-startup-window
Isso funciona bem para mim no Ubuntu 11.10 com o Google Chrome 15.0.874.106.
Há uma opção nas preferências do Chrome para fazer isso. No menu de ferramentas, na seção "capô", há a caixa de seleção "Aplicativos de fundo, continuar executando aplicativos em segundo plano quando o Google Chrome está fechado" .
No Windows, eu ainda tenho um ícone na bandeja do sistema quando eu habilito esta opção, mas no Ubuntu eu não consegui um, mas ainda funciona em segundo plano (também ele inicia em cada sessão automaticamente).
Espero que ajude.