Eu consegui fazer isso com este 1 liner. Se você é flexível sobre a parte xargs e find .
for f in ./*.htm; do pandoc -f html -t markdown "$f" -o "${f%.htm}.md"; done
Se você quiser agir recursivamente (assim: todos os arquivos .htm no diretório atual e todos os subdiretórios), então (assumindo o bash 4+) você pode usar a opção globstar shell:
shopt -s globstar
for f in ./**/*.htm; do pandoc -f html -t markdown "$f" -o "${f%.htm}.md"; done