É possível que este seja um bug compiz / nvidia.
Eu notei "screen flashing" muito semelhante que parecia vinculado ao redesenho de tela, por exemplo pedaços da tela seriam redesenhados estranhamente quando o cursor piscasse, ou se eu desligasse o cursor piscante, não seria redesenhado na hora certa.
Olink descreve a seguinte solução alternativa:
Para consertar, você pega o Gerenciador de Configurações do CompizConfig (ccsm) e você vai até "Soluções alternativas" na categoria "Utilitário" e marque a caixa que diz "Forçar redesenhos de tela cheia (troca de buffer) no repaint".
... o que parece ter funcionado para mim. Pelo menos por enquanto.