O arquivo .bash_profile provavelmente não está sendo lido pelo seu shell no lançamento. Muitas distros têm algo parecido com isso no padrão .bashrc:
if [ -f ~/.bash_profile ]; then
. ~/.bash_profile
fi
Se tudo o que você está usando é aliases, eu recomendo que você nomeie o arquivo ~ / .bash_aliases:
if [ -f ~/.bash_aliases ]; then
. ~/.bash_aliases
fi
Tudo o que ele faz verifica se o arquivo existe e, em caso afirmativo, executou os comandos nele. No seu caso, os comandos alias.
Pop que em seu .bashrc e seus problemas devem ser resolvidos.
EDIT: Na verdade, é um pouco mais complicado do que isso. Minha solução funcionará, mas vale a pena ler .bash_profile vs .bashrc
P.S. Uma reinicialização raramente é necessária para corrigir um problema em um sistema * nix. Um logout e login no máximo.