Você pode pedir ao instalador do Windows para instalar no sistema de arquivos existente, deixando os arquivos intactos. Ele apagará os arquivos do sistema operacional, mas outros arquivos devem estar bem, nem sempre.
Se você realmente quiser ter certeza, comece conectando o disco rígido externo, inicialize o SO pelo Live CD e copie toda a partição para a unidade externa. A melhor ferramenta para isso é o Live CD do Debian / Ubuntu, um sem interface gráfica de usuário, mas se você não souber como usar o Linux, você pode tentar obter o Windows Live CD.
Outras opções são separar o disco rígido e anexá-lo a alguma outra máquina desktop e copiar os arquivos dessa maneira. Ou para obter o adaptador SATA para USB ou o gabinete USB externo e conecte o disco rígido com ele a algum outro computador.
Se você não pode usar o Unix e o Windows se recusa a copiar os dados, você pode tentar obter a propriedade dos arquivos e depois alterar as permissões. Isso explica uma maneira de fazer isso: link