O FTP é um risco de segurança porque transmite informações de login (incluindo senhas) em texto simples / claro, então você precisará envolvê-lo na criptografia. Se você precisar usar o FTP especificamente, o OpenVPN poderá envolvê-lo muito bem em um fluxo totalmente criptografado:
OpenVPN (gratuito e de código aberto)
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Seu servidor e todos os clientes que precisam usar seu servidor FTP terão que ter o OpenVPN instalado.
Naturalmente, você pode achar mais fácil usar apenas uma das versões mais seguras do FTP conhecidas como SFTP ou FTPS, já que muitos clientes FTP possuem suporte interno para isso. Um realmente bom é o FileZilla, que fornece aplicativos cliente e servidor completos e independentes, e está em conformidade com os RFCs relevantes:
FileZilla (gratuito e de código aberto)
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