Eu ficaria com ffmpeg. Você não estava longe. Aqui está o que eu usei para converter uma carga de flacs de 50 meg para mega-5 meg, com metadados:
find -name "*.flac" -exec ffmpeg -ab 192k -i "{}" -map_meta_data "{}.m4a":"{}" "{}.m4a" \;
Você poderia expandir isso para limpar os arquivos originais ou salvá-los em outro lugar (eu estava realmente lutando com esse bit).
Por alguma razão, a minha estava rastejando a 190kbits / s para que houvesse uma string de codificação melhor (espero que haja, isso é um pouco bobo).