Você pode editar o arquivo /etc/xdg/menus/applications.menu para alterar a estrutura do menu de aplicativos (reordenar, adicionar, remover, editar seções do menu de aplicativos). Neste arquivo, você verá o menu de aplicativos na estrutura XML e os arquivos .directory de referência. Esses são os arquivos de definição de categoria de aplicativo e geralmente podem ser encontrados em /usr/share/desktop-directories . (As alterações nesses arquivos são globais, para alterações específicas do usuário, veja os caminhos na parte inferior)
Para remover aplicativos de um agrupamento, você deve conseguir remover o nome desse agrupamento da seção Categoria do arquivo .desktop de cada aplicativo que deseja remover da categoria. Para adicionar um aplicativo a um agrupamento, basta adicionar o nome do agrupamento à seção Categoria do arquivo .desktop do aplicativo. (Note que o nome nem sempre é o que você espera, por exemplo, o grupo 'Internet' é realmente 'Network' - inspecione os arquivos .directory para checar o nome do agrupamento que você precisa)
Para remover um "agrupamento" ou categoria, você pode remover toda a sua seção do arquivo applications.menu mencionado acima.
Para garantir que o Gnome use os locais mencionados acima para esses arquivos de configuração, defina a variável de ambiente:
$XDG_CONFIG_DIRS=/etc/xdg
(Observe que sem um valor em $ XDG_CONFIG_DIRS ou $ XDG_CONFIG_HOME, o Gnome examina os seguintes diretórios para configurações de menu de aplicativo específicas do usuário:
~/.config/menus
~/.local/share/applications
~/.local/share/desktop-directories
Além disso, confira esta página para mais informações:
http://library.gnome.org/admin/system-admin-guide/stable/menustructure-13.html.en