"A" e "A /." são ambas entradas de diretório que apontam para a mesma coisa, mas são elas mesmas coisas diferentes. "A" é uma entrada no diretório atual e "A /". é uma entrada chamada "." no diretório A. Pense nisso como operar em uma caixa do lado de fora, versus operar na caixa por dentro.
Especificamente,
cp -r A B
Copia A para B.
cp -r A/. B
Vai para o diretório A e copia o conteúdo do diretório atual (ou seja, ./A1) para B.
mv A B
Move a entrada de diretório chamada "A" do diretório atual para B.
mv -i A/. B
Tenta mover a entrada de diretório "." de A para B. No entanto, já existe uma entrada chamada "." em B. Em geral, você não pode se mover "." (isso é como tentar mover a caixa por dentro).