As exceções Java são impressas no fluxo de erros padrão.
Para enviar o fluxo de erro padrão (descritor de arquivo 2) para um arquivo que você pode fazer:
batchfile.bat 2>> errorlog.txt
Para enviar o erro padrão e o padrão para o mesmo arquivo:
batchfile.bat >> logfile.txt 2>&1
Você pode fazer o mesmo no Unix e no Windows