Eu também sugiro que você use uma ferramenta de backup adequada, como rsync / rsnapshot (se você precisar que os arquivos de backup ainda sejam executáveis) ou duplicidade (se não o fizer). Se você precisar sincronizar nas duas direções ou quiser ver o que mudou antes da sincronização, também há unison , que eu uso para manter os arquivos de música no meu laptop em sincronia. Uma verificação adicional da integridade do arquivo poderia ser feita usando uma ferramenta como md5deep , no entanto, você teria que escrever scripts de wrapper você mesmo.
Se você realmente, realmente quer usar algo baseado em git, você poderia olhar para gibak , que é uma ferramenta de backup de propósito geral baseada no git. Eu não olhei muito de perto, então pode não ser a escolha certa para você; Eu acho que você ainda precisa criar um link simbólico para o .git
-directory.