Para impedir que dput faça o upload (novamente) do seu arquivo orig.tar.gz , é necessário removê-lo do arquivo source.changes .
Para fazer isso, você basicamente precisa mudar sua chamada para o comando build para adicionar a opção -sd . Isso forçará a exclusão da fonte original orig.tar.gz .
Nas páginas dpkg-genchanges man:
-sd Forces the exclusion of the original source and includes only the diff.
Para o comando dpkg-buildpackage :
$ dpkg-buildpackage -sd
Para o comando debuild :
$ debuild -sd
Para o comando pdebuild :
$ pdebuild --debbuildopts -sd