O Bash é apenas um interpretador de linha de comando - ele faz o que você diz para fazer e não tem um programa auxiliar de desfazer. Você é o melhor de excluir o subdiretório com algo como:
chmod -R 775 ~/yoursubdir && rm -rf ~/yoursubdir
Copiei acidentalmente meu diretório home inteiro para um de meus subdiretórios, fazendo com que eu excedesse minha cota de disco em um servidor.
Ou alguém sabe como desfazer um comando em geral?
Tenho certeza que não existe tal coisa. Se houvesse, isso seria muito interessante.
Para o seu caso, basta remover o subdiretório
rm -rf /path/to/subdirectory
Mas tenha cuidado com esse comando, pois ele pode excluir completamente todos os arquivos do subdiretório sem nenhuma confirmação. ;)
Quando se trata da casca, você é o desfazer. O oposto da cópia é excluir (rm), portanto, exclua as cópias.
Eu recomendo instalar o pacote trash-cli e, em seguida, configurar esses aliases de Bash:
alias rm='trash'
alias rrm='rm -i'
É claro que, no seu caso, como você está sem espaço em disco, provavelmente não quer que os arquivos sejam lixados primeiro. Mesmo assim, é uma boa prática usar o lixo.