Supondo que o Windows esteja instalado no disco GPT.
Para inicializar com êxito o Windows 10 (também o Windows 8.1 / 8/7) no firmware UEFI, você precisa de exatamente 3 partições em um disco com estilo GPT:
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partição do sistema EFI (geralmente 100 MB - 500 MB)
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Partição reservada da Microsoft (exatamente 128 MB)
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Partição do Windows (pelo menos 20 GB para o Windows de 64 bits)
Eventualmente, você pode ter uma partição de "recuperação" separada.
A presença das três primeiras partições mencionadas é obrigatória, ou o Windows não pode inicializar.
O comando para corrigir o gerenciador de inicialização + gerenciador de inicialização do BCD + e gravar uma entrada de inicialização na NVRAM é bcdboot.exe -
bcdboot N:\Windows /s Z:
em que N: é a partição do Windows e Z: é a partição do sistema EFI. (Mais tarde, você terá que corrigir o carregador de recuperação separadamente usando o comando ReAgentC.exe.)
Você também pode usar o comando bootrec.exe do ambiente de recuperação para corrigir a inicialização (nem sempre bem-sucedida, mas também corrige o carregador de recuperação).
Não é necessário dizer que você precisa inicializar a mídia de instalação / recuperação do Windows (USB / DVD) usando a inicialização EFI .
A inicialização do UEFI não usa MBR e registros de inicialização de partição para a inicialização, mas pode ajudar a reescrever o MBR (deve ser um MBR protetor no disco GPT) usando o comando bootsect.exe no caso de o MBR ser adulterado por Instalação do Linux. O Windows não gosta do formato MBR "misto" no disco GPT.
Referência: Reparar o Windows BCD no UEFI e no BIOS
Espero que isso ajude.