Não usar a conta raiz em suas atividades do dia-a-dia é sobre o controle de danos. Os aplicativos que você usa podem ter falhas neles. Eles podem ser explorados ou podem simplesmente falhar em circunstâncias específicas. Se você estiver executando como um usuário normal, a maioria das falhas que permitem algo mal-intencionado "sair" do seu aplicativo só poderá, normalmente, arruinar sua pasta pessoal. No entanto, se você estiver executando como root, uma falha no aplicativo poderá permitir que todo o sistema seja fechado, já que o root tem permissões em todos os lugares. Correr como um usuário normal não é uma panacéia, mas fornece um espaço extra para danos maliciosos ou acidentais em seu sistema de arquivos.