Eu também tive esse problema.
E eu não tenho certeza se você está indo sobre as coisas da mesma maneira que eu fiz. Mas só para comparar, eu importei um projeto do GitHub e usei o "New Project Wizard" quando solicitado pelo Eclipse. Este assistente me pede para selecionar um diretório para o projeto. E se o diretório selecionado não for diferente do diretório que o Assistente de Importação usou para importar o repositório do git, obviamente, o projeto não está vinculado.
Em vez de usar o método team- > share, ao importar o projeto (com o New Project Wizard), certifiquei-me de que o New Project Wizard usasse o mesmo diretório do Assistente de Importação (aquele usado pelo repo importado) .
Se você puder importar os Projetos existentes, por algum motivo, ele conectará tudo automaticamente sem abrir o Assistente para novos projetos.
Suponho que o New Project Wizard adicione uma etapa desnecessária neste caso de uso específico (já que podemos supor que você queira que o repositório importado seja conectado automaticamente.
Apenas uma observação.