O ajuste exato das suas necessidades é o modo de perspectiva ( link ). Cabe exatamente o caso de sua descrição, que é semelhante ao conceito de espaços de trabalho no GNOME e no KDE. Este modo funciona muito bem com o modo de projétil e modo de leme, que melhoram seus emacs para lidar melhor com projetos e pesquisá-los melhor, respectivamente.
Se você não quer passar pelo incômodo de configurar esses modos sozinho, eu sugiro que você instale o prelúdio para o emacs e uma perspectiva simples de configuração junto com ele. Você pode verificar a configuração do meu emacs ( link ) para ver como eu fiz isso.