Você não precisa se preocupar com nada. Eu tenho um USB 2.0 WD EHDD e um USB 3.0 WD EHDD e observei que o USB 2.0 tem chances ligeiramente maiores de se desconectar se você movê-lo fisicamente, já que a porta micro-USB é de fato pequena e conectada ao cabo em uma maneira comparativamente frágil. É um problema apenas se você tiver arquivos que estão abertos ou que tenham algum processo em execução / acesso a arquivos nele. Outras vezes, você pode experimentar uma operação de reconexão de desconexão intermitente irritante ao tentar movê-la.
E o disco gira durante algum tempo depois de ser desconectado. Contanto que você tenha ejetado corretamente, você está livre para desconectar fisicamente o dispositivo.
Um disco de 500 GB não tem 500 GB de espaço livre (500 * 1000 * 1000 * 1000/1024 * 1024 * 1024 = 465 GB)