Eu tenho duas soluções possíveis para você.
1) Você pode tentar executar o instalador no modo de compatibilidade com o Windows 7/8 (estou assumindo aqui que você baixou a versão para Windows 7/8). Isso pode ou não enganar o instalador, fazendo-o pensar que é uma máquina com Windows 7/8 (isso realmente depende de como a Intel verifica a versão do Windows).
2) Se a primeira sugestão não funcionar, você pode instalar manualmente o driver usando o Gerenciador de dispositivos. Você pode fazer isso iniciando o Gerenciador de dispositivos, clicando com o botão direito do mouse em Microsoft Basic Graphics Adapter e selecionando "Propriedades". Em seguida, clique na guia "Driver" e clique em "Atualizar driver ...". Aponte para onde você extraiu o instalador do Intel Graphics, por exemplo, C: \ IntelGraphics \ win64_15288 \ Graphics. Então clique em próximo. O Windows deve encontrar e instalar o driver automaticamente.
Deixe-me saber como isso passa pelos comentários:)
EDITAR: Eu gostaria que você tentasse drivers que eu encontrei para servidores baseados na segunda geração do Core i3 da Lenovo (isso é importante para o Server 2008 R2 64-Bit). Eles oferecem um pacote de driver que deve suportar gráficos Intel HD 2000, espero que esse driver também funcione para HD 3000 ou pelo menos permita que você altere as resoluções. Aqui está o link: link
Aqui está um link se você tiver um processador Ivy Bridge (você não especificou na sua pergunta): link
Este driver destina-se ao Lenovo ThinkServer TS130 se você deseja localizar a página manualmente no site de suporte da Lenovo.