O ponto de desfragmentação é - como o nome sugere - evitar a fragmentação de arquivos.
O agrupamento de espaço livre é chamado de compactação e pode ou não ser executado por um utilitário de desfragmentação. Desfragmentador de disco do Windows XP não. ( fonte )
Uma alternativa gratuita com mais algumas opções do que o utilitário interno é Defraggler .
Por exemplo, ele permite que você Defrag Freespace , que é essencialmente a compactação.
Mais utilitários também são sugeridos nesta questão do SU: Procurando uma alternativa para o utilitário de desfragmentação do Windows