Você pode usar este código:
fc /b file1 file2 > nul
if errorlevel 1 goto files_differ
[files are the same, do something here]
:files_differ
[files are not the same, do something here]
Um errorlevel
de 1
é retornado se os arquivos NÃO forem idênticos.
Um errorlevel
de 2
significa que um dos arquivos está faltando.
> nul
é usado para ocultar a saída do comando
Alternativamente, você pode usar o Busybox para Windows e verificar se os hashes do arquivo são os mesmos.