A barra de ferramentas do Banshee parece diferente porque sua cor da barra de ferramentas é codificada. Isso foi inicialmente codificado nos dias em que não era popular que os temas do gtk definissem cores personalizadas para a barra de ferramentas. Isso foi feito para ajudar os widgets de controle de redimensionamento (e outros possíveis ícones e widgets personalizados) a se misturarem melhor com a barra de ferramentas.
Infelizmente, a barra de ferramentas personalizada faz com que o Banshee se destaque como um polegar dolorido com temas que fazem pintar a barra de ferramentas. Existe um relatório de bug aberto (meu, na verdade;)) para o problema.
Parte do problema provavelmente pode ser encontrada perto da linha 214 do BaseClientWindow.cs . Eu tentei minhas habilidades limitadas em C # e não consegui encontrar uma correção. Se você puder, tenho certeza que os desenvolvedores do Banshee gostariam de receber um patch. :)