Sim, o segundo disco rígido (não inicializável) pode ser formatado para GPT e reconhecido pelo Windows Server 2012 R2, independentemente do suporte de firmware / placa-mãe da GPT e UEFI. Isso se aplica ao Windows 7 e ao Windows 8 também.
Observe: o disco C: e a partição oculta do sistema reservada com o BCD devem residir no disco formatado com MBR menor que 2TB, porque ambos devem ser legíveis via firmware da placa-mãe no momento da inicialização.