Eu encontrei uma maneira de fazer isso:
As regras padrão são armazenadas em [HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\SharedAccess\Defaults\FirewallPolicy\FirewallRules]
(usado quando você redefine as regras para os valores padrão).
As regras atuais são armazenadas em [HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\SharedAccess\Parameters\FirewallPolicy\FirewallRules]
(incluindo as regras que você criou).
Basta fazer uma pesquisa dentro da chave desejada e substituir as configurações desejadas.
Para conhecer a sintaxe, crie uma regra semelhante e observe sua estrutura.