Eu encontrei este post porque eu também estava lutando com o WinMerge. A documentação do filtro de linha vai direto na RegEx, então eu também. Estupidamente eu; Nenhuma das expressões que fiz fez qualquer filtragem. Acontece que você acabou de colocar a corda em comum para as linhas esquerda e direita e funciona como eu quero.
Por exemplo, estou comparando 2 arquivos XML para determinadas diferenças. Algumas linhas contêm essas sequências:
IntID IntRef
Eles são precedidos por espaço em branco, e abrem uma string de marca e são seguidos por um UUID, que é a entidade que está causando uma diferença que eu gostaria de ignorar.
Por isso, adicionei apenas dois filtros de linha apenas com as strings e sem as coisas RegEx. Foi um pouco lento para processar um arquivo 12M, mas eu mais do que compensou o tempo em ter que ignorar mais de 1000 acessos para ver as 4 diferenças.
Acho que é isso que você está procurando com o XXXXXXXX XXXXXXXXX à esquerda e à direita. Estou assumindo que os dados são os mesmos em cada lado.