Não está exatamente claro o que você quer fazer
I want Zotfile to rename all of my pdfs that I save in a particular directory
O que você quer dizer com "salvar em um diretório específico"? Você está procurando uma funcionalidade de "pasta monitorada" (isto é, importar automaticamente PDFs de um diretório específico e renomeá-los com base em metadados)?
O resto da sua pergunta parece implicar que você simplesmente deseja renomear PDFs que já foram importados no Zotero e anexados a itens do Zotero (ou seja, que possuem metadados), então vou responder essa parte.
Depois de instalar o ZotFile (como um add-on do Firefox se estiver usando o Zotero para Firefox ou como um addon Zotero Standalone), abra as preferências do ZotFile através do menu Gear. Na guia Regras de Renomeação, preencha as preferências ao seu gosto. Não selecione Usar Zotero para Renomear. Selecione os itens que têm os anexos que deseja renomear ou selecione os anexos diretamente, clique com o botão direito do mouse na seleção, vá para Gerenciar Anexos e clique em Renomear Anexos. Os anexos serão renomeados.
Isso não moverá os anexos. Eles permanecerão na pasta "armazenamento" do Zotero (supondo que não sejam anexos vinculados). Se você quiser também mover os arquivos para uma pasta diferente, você pode usar a funcionalidade "Enviar para Tablet" do ZotFile, que basicamente move os anexos selecionados para uma pasta especificada. As configurações para isso podem ser encontradas em Preferências do ZotFile - > Configurações do tablet.
Note que mudar as configurações de renomeação do ZotFile não afeta o sistema de renomeação de anexos do Zotero. Isso é controlado pela preferência oculta
do "attachmentRenameFormatString"