"Apagar" o espaço livre significa preencher a unidade com zeros e, em seguida, excluí-la em muitos casos (no Windows, eles usam a API de desfragmentação). Você provavelmente poderia usar uma ferramenta como o grandparental para inspecionar visualmente seu espaço usado e excluir os arquivos que o cccleaner gerou.
clique em um bloco de arquivos, e aperte delete para deletar ou revelar para abri-lo no finder