O SplitMKV fará isso: Encadeamento de desenvolvimento do SplitMKV em Doom9.org
No entanto, é uma ferramenta de linha de comando, mas bastante simples de usar - e é importante ter o suporte a legendas necessário. Ele é baseado no MKVMerge, que realiza a divisão de vídeo, e o próprio SplitMKV cuida das legendas; Corrigindo os offsets para a saída dividida.