Para um backup atômico, você precisa, idealmente, interromper todo o acesso de gravação à área que está sendo armazenada, o que significa interromper todos os serviços que possam gravar para eles.
Se você usar o LVM, o recurso de captura instantânea tornará isso muito menos oneroso, pois você só precisará interromper os serviços pelo tempo necessário para criar o instantâneo somente leitura, que é quase instantâneo. Você pega o backup do snapshot e o remove até que um novo seja necessário para a próxima execução do backup. Consulte o link para obter mais detalhes.
Não deixe o (s) snapshot (s) ativo (s) por mais tempo do que o necessário, pois há implicações de desempenho (embora isso seja um problema muito menor do que ter um período de inatividade total enquanto os backups são executados).