Quando você está cortando um vídeo, você está apenas apontando onde gostaria que o novo clipe fosse iniciado e interrompido - ele não cria realmente o novo arquivo de vídeo cortado até que você o salve.
Neste ponto, ele lê o arquivo de vídeo original e escreve um novo baseado nos cortes que você decidiu.
É por isso que você não pode sobrescrever o original, isso é necessário durante o processo de salvamento.